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Cellul'z et l'ARN

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[Cellul'z] publié le 11/06/2011 à 21h42
"On oublie sa faute quand on l'a confessée à un autre, mais d'ordinaire l'autre ne l'oublie pas." - Friedrich Nietzsche

La beta de Cellul'z continue et il est grand temps de l'étoffer. La prochaine fonction, décrite dans ce billet.

Avertissement : Cet article a été publié il y a déjà un certain moment.
Il se peut que son contenu ne reflète plus exactement ma pensée actuelle.

En écrivant ce billet, je me suis replongé dans mes cours et j'ai découvert que je me plantais : ce que j'explique est grossièrement juste, ce que je suis en train de faire ne l'est pas. + d'infos à la fin.
Bonsoir,

Je vous préviens d'avance, ce billet sera quelque peu imprécis, voire incomplet car mon avancement actuel ne permet pas de donner de plus amples explications.

Le projet Cellul'z suit son petit bonhomme de chemin. Depuis sa sortie, quelques choses ont eu la chance d'évoluer, d’être corrigées, revues,.. et d'autres la malchance d’être encore sur liste d'attente d'ailleurs. Néanmoins, le nombre de cellules grandissant, il devient important de commencer à ajouter de nouvelles fonctionnalités, comme il est prévu depuis bien longtemps déjà. Depuis quelques jours, c'est justement cela qui est en développement, ou pour être plus exact, l'implantation de la transcription d'ADN. Petit tour rapide en cours de bio avec Flavio, attention, prêt, 3, 2, 1...

Le concept scientifique

C'est dans le noyau des cellules eucaryotes que se trouve l'ADN. Tout au long de la vie de la cellule, l'ADN est copié, recopié, et sur-recopié afin que l'information quitte le noyau pour s'exprimer dans le cytoplasme. C'est dans cette zone de la cellule que les protéines et les enzymes sont produites. La copie d'ADN quittant le noyau s'appelle l'ARN, et à un nucléotide près sur quatre, c'est le brin complémentaire du brin d'ADN correspondant - vous m'suivez ?-. Cette copie est faite grâce à une enzyme, l'ARN polymérase qui associe les nucléotides qui vont constituer la molécule d'ARN en fonction du brin d'ADN.
L'ARNm (m pour messager, qui porte l'information génétique) quitte le noyau. Il est alors traduit par un ribosome : cette gentille bestiole crée les protéines que code l'ARNm : il assemble des acides aminés ; chaque acide aminé est codé grâce à trois nucléotides.

Pas perdu ?
Retenez ce schéma :
[Noyau] ADN -- transcription --> ARNm [Cytoplasme] -- traduction --> protéine
1. transcription : ARN polymérase
2. traduction : ribosome

Le concept dans Cellul'z

Si vous avez lu la note en haut, je me suis planté dans ce que je suis en train de coder, j'ai oublié l'ARN polymérase dans mon histoire. C'est vrai qu'il me manquait un maillon, j'aurais du vérifier. Bref, dans l'état actuel des choses, c'est le ribosome qui se charge de tout. Je fais appel à vos commentaires pour débattre si cela mérite d’être changé ou non, au vu du système mis en place que je vais vous décrire.

Ceci est donc la description du système 'en place' actuellement...
. pour fabriquer de l'ARN, le joueur doit acheter un ribosome à la boutique
. le joueur doit attribuer un ribosome à la cellule à qui il veut faire produire de l'ARN
. quand la cellule a un ribosome attribué, elle peut répliquer de l'adn, contre de l'énergie
. l'adn est répliqué directement dans le panneau de cellule, le joueur peut voir l'avancement en temps réel -si je me cassais le cul à apprendre le javascript

. schéma
. pas de ribosome
+------------------------------------------------------------------------------------+
| ARN
+------------------------------------------------------------------------------------+
| / ! \ La cellule n'a pas de ribosome attribué ! >boutique< [ATTRIBUER UN RIBOSOME] |
+------------------------------------------------------------------------------------+

.ribosome en activité
+------------------------------------------------------------------------------------+
| ARN
+------------------------------------------------------------------------------------+
| Ribosome.png
| ADN : ATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCGATCG | 1
| ARN : AUCGAUCGAUCGAUCGAUCGAUCGAUCGAUCGAUCG|...... EN COURS ....................... | 2
+------------------------------------------------------------------------------------+
1 : chaine aléatoire générée
2 : chaine en cours de traduction
> quand la traduction est finie, on décode la chaine aléatoire traduite en acides
aminés et on fait des stats un peu bidon, juste pour le fun sur l'acide aminé le plus
produit.

. quand la traduction est finie, le joueur gagne x unités d'ARN qui servent à évaluer le niveau de la cellule.
Ça, c'est le schéma rapide, réalisé pour expliquer le concept à un ami.
C'est vraiment très bête à comprendre : vous achetez un ribosome, vous dites qu'il appartient à telle cellule et quand vous le souhaitez, vous lancez le travail de traduction/transcription du ribosome. A la fin, vous récoltez l'ARN qui est traduit immédiatement en acides aminés.

Honte sur moi donc, j'ai oublié que l'ARN polymérase jouait un rôle dans cette histoire. Dois-je ajouter cette enzyme dans la chaîne -sans compliquer les choses, rassurez-vous- ou pensez-vous que ce n'est pas gênant ? C'est sur ce point que j'attends vos commentaires.


Bon hormis ce problème, la difficulté de ce script ne réside pas dans sa complexité, mais dans sa réalisation : je veux faire défiler l'ARN dans le tableau -pas de façon dynamique mais à chaque rafraîchissement- et c'est un peu galère au niveau du calcul de caractères, des fonctions à utiliser en PHP que je n'aime pas, etc. Je perds pas mal de temps avec ça, je vous l'avoue franchement.


Sinon, Cellul'z va bien. Non sérieux, une centaine de membres, des revenus publicitaires suffisants, des retours encourageants, etc. C'est bien mieux que tout ce que je pouvais imaginer pour un début. Alors il faut continuer à bosser pour continuer de mériter tout ça. Aujourd'hui, j'ai besoin de votre aide, n'hésitez pas à donner votre avis en bas de page, ou sur le Site du Zéro, ou même en privé si vous souhaitez entretenir une plus longue discussion sur le projet.

Je vous dis à très bientôt, je vais essayer de finir ce script de défilement, ce sera pas perdu ;) !
Ciao !

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Commentaires

Charlie
11/06/11, 10h38

Si on appelle l'Arn polymérase Poly, on pourrait remplacer ''ribosome'' par ''poly'' dans la première et la troisième phrase de ton deuxième carré rouge : facile à changer au niveau du code et véracité scientifique.

Flavio46
11/06/11, 11h33

Erf ouais en fait c'est pas con. J'ai rien à changer du coup, mais si quelqu'un a quelque chose de plus complexe à proposer, pourquoi pas, tout le système est stoppé.

Flavio46
12/06/11, 09h59

Finalement, je vais faire encore plus simple ; je suis pas obligé d'inclure le principe de traduction, seule la transcription m'intéresse vraiment. Je reprendrai cette partie dans une page théorique du site qui expliquera les grandes notions de bio que reprend le jeu.
Ouuuuh, je me crée des problèmes pour pas grand chose.

Charlie
13/06/11, 01h27

Oui c'est un autre moyen, mais ça fait pas un peu étrange de prendre la transcription et pas la traduction ? De toute façon, même si tu va pas trop en profondeur pour la traduction, tu dois la mentionner quand même pour rester cohérent.

Flavio46
13/06/11, 01h46

Je passe dessus pour le moment, mais ce ne sera pas long à rajouter comme système, j'ai déjà le gros de fait avec l'ARN du coup. Le script est bientôt prêt à être publié.

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